Destinado a marcar culturalmente o primeiro centenário da Corte Catarinense, o Centro de Estudos Jurídicos do Tribunal de Justiça, Cejur foi criado em 1991 e instalado no dia 31 de outubro do mesmo ano sob a gestão do Des. Ayres Gama Ferreira de Mello, conforme Resolução n. 14/91-TJ e Portaria n. 557/91.
Para a implantação do Cejur, uma comissão foi constituída pelos Desembargadores Francisco Xavier Medeiros Vieira, presidente, e Antônio Fernando do Amaral e Silva (Portaria n. 578/91-GP). À época, todos os desembargadores do Tribunal de Justiça faziam parte do Cejur.
Posteriormente, em 3 de maio de 2000, sob a gestão do presidente do Tribunal de Justiça, Des. Francisco Xavier Medeiros Vieira, houve a reordenação do Cejur pela Resolução n. 03/00-TJ, com profundas alterações em sua estrutura e competência.
Pela referida resolução, os desembargadores Pedro Manoel Abreu e Nelson Juliano Schaefer Martins passaram a exercer, respectivamente, as funções de Diretor-Geral e Vice-Diretor, conforme a edição das Portarias n. 121/00-GP e n. 259/00-GP.
Por indicação do Des. Pedro Manoel Abreu, a composição do Conselho de Supervisão ficou estabelecida pelos juízes Alexandre Morais da Rosa, Irio Grolli, Jaime Machado Júnior, Jorge Henrique Schaefer Martins, Odson Cardoso Filho, Paulo Henrique Moritz da Silva, Rui Pedro Schneider, e pelo magistrado Romano José Enzweiler, na função de Secretário-Geral do Cejur (Portaria n. 521/00-GP).
Em 2002 o presidente do Tribunal de Justiça, Des. Amaral e Silva, designou os desembargadores Volnei Ivo Carlin e Nelson Juliano Schaefer Martins como Diretor-Geral e Vice-Diretor, respectivamente, conforme as Portarias n. 179/02-GP e 180/02-GP. Ressalta-se que o vice assumiu a Direção-Geral no fim da gestão (Portaria n. 584/03-GP).
Ainda nessa administração, estiveram à frente do Conselho de Supervisão do Cejur os desembargadores Pedro Manoel Abreu e Luiz Cezar Medeiros, os juízes Paulo Henrique Moritz Martins da Silva e Dinart Francisco Machado, e o Juiz Alexandre Morais da Rosa, como Secretário-Geral. Atuaram como suplentes os juízes Paulo Roberto Froes Toniazzo e Naiara Brancher (Portaria n. 418/02-GP).
No período em que o Des. Jorge Mussi foi presidente do Tribunal de Justiça, foram designados os desembargadores Nelson Juliano Schaefer Martins e Solon D’Eça Neves para exercerem, respectivamente, as funções de Diretor-Geral e Vice-Diretor (Portarias n. 87/04-GP e 88/04-GP).
Sob a presidência do Des. Pedro Manoel Abreu foram nomeados os desembargadores Antônio Fernando do Amaral e Silva e Luiz Cezar Medeiros para atuarem como Diretor-Geral e Vice-Diretor, nesta ordem (Portaria n. 133/06-GP).
O Tribunal Pleno aprovou a Resolução n. 26/06-TJ no dia 6 de dezembro de 2006, a qual determinou uma nova estrutura para o Cejur, o que tornou sem efeito as disposições da Resolução n. 03/00-TJ.
Marcaram a administração de 2006/2007 o credenciamento da Academia Judicial como instituição de ensino, obtido no Conselho Estadual de Educação de Santa Catarina, conforme o Parecer n. 289-CEE/SC e a Resolução n. 86/07-CEE/SC, bem como o I Congresso do Cejur, com o tema central “O Estado, a Administração Pública e o Sistema de Justiça”.
No biênio 2007/2009, gestão presidida pelo Des. Francisco Rodrigues de Oliveira Filho, era Diretor-Executivo o Des. Sérgio Roberto Baasch Luz, reconduzido ao cargo em 2009 pelo então presidente do Tribunal de Justiça, Des. João Eduardo Souza Varella.
Houve nesse período a publicação da Resolução n. 29/08-TJ, de 17 de setembro de 2008, a qual reestruturou o Cejur, subdividindo-o em Conselho Técnico-Científico, Conselho Editorial e Academia Judicial, razão pela qual foram revogadas as Resoluções n. 26/06-TJ e 01/07- Cejur.
O credenciamento da Academia Judicial na ENFAM – Escola de Formação e Aperfeiçoamento de Magistrados ocorreu em 2008, fato que a autorizou a ministrar o “I Curso de Aperfeiçoamento para fins de Promoção”, o “I Curso de Aperfeiçoamento para fins de Vitaliciamento” e o “Curso de Formação para Ingresso na Carreira da Magistratura”, de acordo com as Portarias n. 27, 34 e 43/08-STJ.
Na gestão do Des. Trindade dos Santos (2010/2012) foram nomeados Diretor-Executivo e Vice-Diretor da Academia Judicial os desembargadores Jaime Ramos e Lédio Rosa de Andrade. A criação da Secretaria Acadêmica , o desenvolvimento dos Núcleos de Estudos e Pesquisas, a criação e edição da revista científica e do suplemento cultural da AJ e a elaboração do Plano de Desenvolvimento Institucional são destaques da administração.
Atualmente, gestão 2012/2014, compõem a Academia Judicial as seguintes autoridades:
Des. Pedro Manoel Abreu – Diretor-Executivo;
Des.ª Sônia Maria Schmitz – Vice-Diretora-Executiva;
Dr. Paulo Roberto Froes Toniazzo – Vice-Diretor de Cursos Acadêmicos e Orientação Pedagógica;e
Dr. Odson Cardoso Filho – Vice-Diretor de Serviços Judiciários.